Introducción. La Ataxia Espinocerebelosa tipo 2 es una enfermedad neurodegenerativa causada por la expansión de una secuencia repetitiva de CAG en el gen ATXN2. El fenotipo clínico es muy variable incluso entre individuos con igual mutación. Objetivo. Evaluar la asociación entre los polimorfismos MTHFR C677T y A1298C, y sus combinaciones genotípicas, y la Ataxia Espinocerebelosa tipo 2. Métodos. Se realizó un estudio de casos-controles en una muestra de 166 pacientes con Ataxia Espinocerebelosa tipo 2 y 130 controles sanos. La edad de inicio, la supervivencia, la velocidad sacádica máxima a 60º, la latencia sacádica a 60º y las puntuaciones de gravedad de la ataxia, fueron empleados como marcadores del fenotipo clínico. El número de repeticiones de CAG en el gen ATXN2 fue determinado por PCR seguido de electroforesis en poliacrilamida. Los polimorfismos MTHFR C677T y A1298C fueron determinados por PCR/RFLP. Resultados. No hubo diferencias significativas entre pacientes y controles en cuanto a las frecuencias alélicas y genotípicas para los polimorfismos MTHFR C677T y A1298C (p>0,05). El polimorfismo MTHFR C677T estuvo significativamente asociado a las puntuaciones de gravedad de la ataxia una vez ajustadas al tiempo de evolución y a los alelos ATXN2 expandidos, mientras que el polimorfismo MTHFR A1298C estuvo significativamente asociado a la latencia sacádica a 60º (p<0,05). Conclusiones. Los polimorfismos MTHFR C677T y A1298C actúan como modificadores del fenotipo clínico en la Ataxia Espinocerebelosa tipo 2, lo que sugiere la implicación del metabolismo del folato en la fisiopatología de la enfermedad.