Introducción: la bioinformática es aplicable al diseño de medicamentos, a la simulación de efectos biológicos y en la comparación inter-especies de las moléculas implicadas en diversos fenómenos y enfermedades, como las alergias. Objetivo: comparar dos moléculas claves en los trastornos alérgicos, por medio de herramientas bioinformáticas, entre el hombre y otras especies animales. Métodos: se seleccionaron las moléculas interleucina 4 (IL-4) y el receptor de alta afinidad para la porción Fc de la inmunoglobulina E, en las especies: hombre, ratón, rata y conejo. Los datos de los genes se obtuvieron de la base de datos Gene. La comparación a nivel genómico se hizo por medio de Ensembl, la alineación múltiple de las secuencias se realizó con la herramienta MUSCLE y las matrices de identidad se generaron a partir de Clustal2.1. Para la representación gráfica de las alineaciones de secuencia y la existencia de polimorfismos se usó UCSC Genome Browser. Resultados: se encontró una mayor similitud de las secuencias codificadoras entre el hombre y el conejo para la IL-4. Las alineaciones múltiples para ambas moléculas obtuvieron los más altos porcientos de similitud para las secuencias del conejo y las humanas. Los polimorfismos mononucleotídicos predominan en áreas no codificadoras de la IL-4. Conclusiones: los resultados presentados apoyan la utilidad del conejo como modelo de enfermedades humanas relacionadas con las alergias, a partir de las similitudes para ambas especies de organismos entre dos de las moléculas centrales en los fenómenos de hipersensibilidad.