Introducción: el Registro Cubano de malformaciones congénitas (RECUMAC), un sistema de base hospitalaria y alcance poblacional, constituye una herramienta de gran importancia para la vigilancia epidemiológica de las anomalías congénitas. Objetivo: caracterizar clínica y epidemiológicamente las anomalías congénitas mayores más frecuentes en Cuba durante el periodo 2010- 2016. Metodología: se realizó un estudio observacional, descriptivo, transversal, se analizaron las categorías de defectos congénitos mayores, seleccionados y agrupados por sistemas de órganos afectados de acuerdo a su frecuencia, importancia clínica y posibilidad de ser comparados con otros registros del mundo. Fueron incluidos 885.170 casos. Resultados: la prevalencia al nacer fue de 12,9 por mil nacidos vivos y la frecuencia ajustada de 22,07 por mil embarazos. Las mayores frecuencias (por cada diez mil embarazos) se presentaron en la hidrocefalia con una frecuencia ajustada de 5,39 y una tendencia ligeramente variable hacia el descenso; la tetralogía de Fallot con 2,28 y una tendencia estable; la fisura del labio superior con o sin fisura palatina con 4,21 y una tendencia estable; la gastrosquisis con una tendencia ligeramente variable hacia el ascenso, con una frecuencia de 5,82; y el Síndrome Down, con una frecuencia de 10,13 y una tendencia estacionaria. Conclusiones: las frecuencias ajustadas encontradas en su mayoría han permanecido estables, concuerdan con estudios parciales realizados previamente en el país y presentan ligeras variaciones respecto a registros internacionales. Estos resultados pueden servir de base para estudios posteriores sobre posibles relaciones causales.